本作の物語は、前作で倒されたはずの凶悪デジモン・ディアボロモンがネットワーク上に無数の幼年期デジモン「クラモン」を増殖させ、現実世界への侵出を目論むところから幕を開けます。デジタルワールドと現実世界を繋ぐゲートの混乱、携帯メールを通じたクラモン大量発生という未曾有のパニックに対し、選ばれし子どもたちは二手に分かれて事態の収拾に奔走します。
インターネット空間へダイブした太一とヤマトのパートナーであるオメガモンは、再びディアボロモンと対峙。激闘の末に一度は撃破したかに見えましたが、それこそが敵の仕掛けた巧妙な罠でした。無数のクラモンが一斉に現実世界である東京湾・お台場へと転送され、巨大な集合体へと融合。超究極体アーマゲモンへと変貌を遂げたのです。
現実世界に実体化したアーマゲモンの戦闘力は凄まじく、現実空間へ降り立ったオメガモンは猛攻の前に両腕を破壊され、完膚なきまでに叩きのめされます。かつて世界を救った最強の守護者が膝を屈する「オメガモンの敗北」は、当時の観客に強烈な絶望感を植え付けました。
後を引き継いだ本宮大輔と一乗寺賢のパートナー・インペリアルドラモン（ファイターモード）もアーマゲモンの圧倒的火力の前に窮地に追い込まれます。しかし、崩壊したオメガモンの残された聖なる光が白銀の剣「オメガブレード」へと形を変え、インペリアルドラモンへと託されます。光を受け継いだ究極の姿インペリアルドラモン パラディンモード（白帝）が誕生し、究極の必殺技「オメガソード」によってアーマゲモンの撃破に成功。東京湾に散らばった無数のクラモンは、集まった子どもたちの携帯電話の光によってデジタルデータへと再変換され、事件は完全決着を迎えました。
