2011年からマッドハウス制作で放送された「新アニメ版」と、1999年の「旧アニメ版」では、作品が目指した方向性に明確な違いが存在します。新アニメ版は原作の構成に忠実で、キメラ＝アント編や会長選挙編までを網羅したテンポの良い王道バトルエンターテインメントとして幅広い世代に親しまれました。
対する旧アニメ版の大きな特徴は、原作の隙間を補完するオリジナルエピソードの完成度の高さです。特にハンター試験編における「軍艦島でのサバイバル（第18話〜第20話）」は、受験生同士の連帯感とエゴイズムを丁寧に描写し、原作ファンからも絶賛されました。さらに、ゴンが故郷のくじら島を旅立つ前の心情や、クラピカが念能力を習得する修行過程の心理的葛藤など、キャラクターの背景を掘り下げる独自演出が物語に深い厚みを与えています。
