体内で生成できないため食事から摂取しなければならない「必須アミノ酸」は全部で9種類存在します。BCAAとEAAの最大の違いは、この必須アミノ酸の種類を「3種類のみ」に絞り込んでいるか、「9種類すべて」配合しているかという点に集約されます。
BCAA（Branched-Chain Amino Acids：分岐鎖アミノ酸）は、分子構造に枝分かれ（分岐鎖）を持つバリン・ロイシン・イソロイシンの3種で構成されています。これらは骨格筋を構成する必須アミノ酸の約35%を占めており、肝臓を経由せずに直接筋肉で代謝される特性を持ちます。そのため、運動時の即効性のあるエネルギー源として機能し、運動による疲労物質の蓄積を抑える働きが際立ちます。
一方のEAA（Essential Amino Acids）は、BCAAの3種に加えて、フェニルアラニン、スレオニン、メチオニン、ヒスチジン、トリプトファン、リジンを加えた9種類すべてを含有しています。建築に例えるなら、BCAAは現場の作業員を鼓舞する「作業開始の合図（発破）」であり、EAAは合図とともに家そのものを組み立てる「木材や鉄骨（建築資材）」がすべて揃った状態と言えます。どれか1種類でも必須アミノ酸が不足するとタンパク質合成の効率が著しく低下する「桶の理論」に照らし合わせても、成分の網羅性においてはEAAが圧倒的な優位性を誇ります。
