多摩区役所へ車で向かう際に直面するのが、地下駐車場の慢性的な混雑問題です。敷地内には約100台強の駐車スペースが確保されているものの、平日の午前中は満車状態が続く傾向にあります。駐車場待ちの車列が府中街道や周辺道路にまで伸び、入庫までに30分以上待たされる光景も珍しくありません。
駐車場料金のシステムと免除条件については、厳密な運用がなされています。区役所で手続きや相談を行った来庁者は、用務先窓口で駐車券の認証を受けることで「最初の60分間が無料」となります。万が一、窓口側の混雑によって所要時間が60分を超過した場合でも、担当窓口の職員に申し出ることで超過分の無料化スタンプ（延長処理）を受けられるため、駐車料金を自己負担させられる心配はありません。ただし、認証機を通さずに出庫してしまうと一般料金（有料）が請求されるため、手続き完了時の駐車券提示は必須です。
公共交通機関を利用する場合、最もアクセスが良いのは小田急線「向ヶ丘遊園駅」北口で、フラットな道のりを歩いて約5分で到着します。一方、JR南武線および小田急線が乗り入れる「登戸駅」からも徒歩約10分でアクセス可能です。混雑する時間帯に訪れる場合は、駐車場待ちのリスクを排除できる向ヶ丘遊園駅からの徒歩ルートを選択するのが最も合理的と言えます。
