佐久奈度神社の歴史と由来は、飛鳥時代にまで遡ります。天智天皇8年（669年）、近江大津宮へと都を遷した天智天皇の勅命を受け、右大臣・中臣金（なかとみのかね）によって創祀されました。
当時、都の四方の境界にあたる要所（四箇所の大祓所）に祓戸神が祀られましたが、その筆頭として琵琶湖から唯一流れ出る瀬田川の激流地点に築かれたのが佐久奈度神社です。「さくだち（裂く・激しい瀬）」が転じて「佐久奈度」となった社名が示すとおり、かつては巨岩が突出し激しい白波が立つ天然の要衝でした。
平安時代の格式を記した『延喜式神名帳』にも名神大社として記載され、朝廷の公式行事としての大祓祭が厳修されてきました。しかし、この古社は近代において重大な存亡の危機に直面します。
昭和39年（1964年）、淀川水系の大規模治水事業に伴う天ヶ瀬ダムの建設により、1300年近く鎮座し続けた原初の聖域が水没の運命を辿ることとなったのです。当時の氏子や崇敬者たちは激しい議論の末、神域の永続を守るため、旧社地を見下ろす高台（現在の境内地）への全面遷座を決断しました。
現在の境内は、昭和の遷座によって整備された端正な社殿と、眼下に広がる瀬田川の雄大な水流が調和した空間となっています。水没の試練を乗り越えた歴史そのものが、時代の変化に流されず清浄を保ち続ける神社の強靱な霊性を物語っています。
