境界線が存在しない山頂エリアですが、もう一つ広く誤解されている事実があります。それは「山頂は国有地（国の土地）である」という認識です。実のところ、富士山八合目以上の約385万平方メートルは、富士山本宮浅間大社（静岡県富士宮市）が所有する「私有地（境内地）」です。
この所有権の根拠は、慶長11年（1606年）に遡ります。富士信仰に篤かった徳川家康が、関ヶ原の戦いの勝利に対する神恩感謝として本殿などを造営・寄進し、山頂部を浅間大社の散財地（神領）として認める寄進状を下付しました。江戸幕府の庇護のもと、八合目以上は一貫して浅間大社の境内地として管理されてきた歴史があります。
事態が暗転したのは明治維新期の1871年（明治4年）でした。明治新政府が発令した「上知令（あげちれい）」によって社寺領の多くが強制的に国有化され、富士山頂も国へと接収されてしまったのです。第二次世界大戦後、宗教法人法が制定されたことを契機に、浅間大社側は1947年に国（大蔵省・現在の財務省）を相手取り、八合目以上の境内地返還を求める訴訟を提起しました。
国の主権や国有財産の保全を主張する国側と、300年以上の信仰史と古文書の正当性を訴える大社側の争いは熾烈を極めました。1974年（昭和49年）、最高裁判所は大社側の上告を認め、「八合目以上は大社の境内地である」とする判決を言い渡し、浅間大社側の勝訴が確定しました。
しかし、勝訴判決が出た後もすぐに所有権移転登記は行われませんでした。山頂が「静岡県なのか山梨県なのか」が未確定だったため、法務局での登記手続きが難航したためです。最終的に、境界未定のまま登記を行う特例的な実務処理が合意に達し、財務省東海財務局から浅間大社へ正式に土地が返還・登記されたのは、最高裁判決から30年の歳月が流れた2004年（平成16年）12月のことでした。なお、日本の最高標高地点である「剣ヶ峰」の旧富士山測候所跡地など、公的機関が存在する一部区画のみが現在も国有地として残されています。
