豊かなトレッキングで身体を動かした後は、千数百年の歴史を誇る名湯へと身を委ねるのが蓼科旅の醍醐味です。戦国時代には武田信玄が傷ついた兵士を癒やすために利用したと伝わる「信玄の隠し湯」であり、高原内にはバリエーション豊かな泉源が点在しています。宿泊者だけでなく旅行者が気軽に立ち寄れる蓼科温泉 日帰り入浴の施設も充実しています。
蓼科温泉郷の最大の特徴は、エリアによって全く異なる複数の泉質が湧出している点です。横谷峡周辺には赤褐色に濁る含鉄泉（二酸化炭素・鉄-ナトリウム-塩化物・炭酸水素塩温泉）が湧いており、これが驚くほどの保温効果と血行促進をもたらします。一方で、親湯温泉や蓼科三室源泉エリアでは、微小な硫黄香が香る弱酸性の単純温泉が供給されており、肌への刺激が少なく角質を優しく整えてくれる「美肌の湯」として親しまれています。
日帰り利用の代表格である「蓼科荘」や「横谷温泉旅館」、近年サステナブルな改修を完了した公営浴場などでは、渓谷のせせらぎや四季折々の森林美を眺めながら湯浴みが可能です。ただし、多くの宿で日帰り入浴の受付時間が「11:00〜15:00頃」と短めに設定されている点には配慮が必要です。
