神社に集まる神社のお金の使い道の大部分は、神社の維持管理費と神事の執行費に充てられています。木造建築である社殿は定期的な屋根の葺き替えや耐震補強、防災設備の維持に莫大な費用がかかります。重要文化財に指定されている社殿の修繕ともなれば、数千万円から数億円規模の予算が動くことも珍しくありません。日々の清掃や境内の樹木手入れ、電気代や水道代、祭祀で神前にお供えする神饌（お米・酒・魚・野菜・果物など）の購入費用もすべてここから賄われます。
一般的に、神社の収入源の内訳は以下のような項目で構成されています。
・お賽銭：日々の参拝者や初詣客からの奉納金
・初穂料・祈祷料：厄除け、七五三、地鎮祭、車のお祓いなどの謝礼
・授与品料：お札やお守り、絵馬、おみくじの頒布による収入
・氏子会費・奉賛金：地域の氏子や崇敬者からの定期的な寄付
・事業収入：境内地の一部を利用した駐車場経営、幼稚園運営、不動産賃貸など
多くの人が「神社はお賽銭だけで潤っている」と考えがちですが、観光客が殺到する一部の大社を除き、日常のお賽銭だけで運営が成り立っている神社はごく一握りです。大半の神社では、祈祷料や氏子からの維持費負担が財政の生命線となっています。
また、全国の神社の約8割が加盟する包括組織との間には、神社本庁とお金の流れが存在します。各神社は加盟の証として、神社の規模や階級に応じた「本庁費（負担金）」を神社本庁へ上納する義務があります。この資金は神職の資格管理や後継者育成のための研修事業、神道文化の広報活動などに活用されています。
