手作り味噌の熟成期間の目安は、仕込んだ季節や麹の割合によって変動します。一般的に、真冬（1〜2月）の寒仕込みであれば約6ヶ月から10ヶ月、気温が上がり始める春先の仕込みであれば約4ヶ月から6ヶ月が食べ頃の目安です。
熟成プロセスにおける重要な作業が、夏前（梅雨明け頃）に行う「天地返し」です。味噌容器の底と表面を入れ替えるように混ぜ合わせることで、全体に酸素を適度に行き渡らせ、微生物の活動を活性化させます。ただし、ジッパー付き保存袋などで少量仕込んだ密閉性の高い環境下では、雑菌混入リスクを避けるために天地返しを省略するケースも増えています。
また、仕込み時に乗せていた重石を外すタイミングは、「味噌の表面に『みその水（たまり）』が十分に上がってきた時期」、もしくは「天地返しを終えたタイミング」が標準的なサインです。水分が均一に行き渡り、発酵が安定期に入った後は、重石の圧力を弱めるか完全に外し、内蓋とラップで空気を遮断する工程へシフトします。
