読経の際に木魚を叩く行為には、宗教的儀礼としての意味と、高度な実用音響的機能の双方が備わっています。
最大の目的は、複数人でお経を唱える際の「メトロノーム」としての役割です。お経は一定のテンポで息を合わせて唱えることで荘厳な一体感が生まれます。木魚の均一な打撃音は、僧侶や参列者の声のピッチと速度を完璧にシンクロさせるペースメーカーとして機能しているのです。
木魚を叩く際には、「バイ（撥）」または「木魚倍」と呼ばれる専用の棒を用います。柄の先端にゴムやフェルト、布を幾重にも巻き付けた球体がついており、木魚の胴体を傷つけることなく、内部の空洞に豊かで丸みのある残響を生み出します。打ち鳴らし方にも作法があり、ただ力任せに叩くのではなく、手首のスナップを柔らかく使って木魚の「肩」にあたる部分を的確に捉えることで、濁りのない清らかな音が空間を満たします。
音響心理学の観点からも、木魚が奏でる一定周期の低周波リズムは、人間の脳波をリラックス状態であるアルファ波へと導き、深い精神集中や瞑想状態（トランス状態）へ誘う心理的効果を持つことが知られています。
