ノートルダム学院小学校の進路構造は、日本の私立小学校の中でも極めてユニークな二重構造を持っています。母体となる学校法人が運営するノートルダム女学院中学校は女子校であるため、男子児童は全員が外部の中学校へ進学（外部受験）するという宿命を背負っています。
この構造が、同校の学問的ポテンシャルを強固に押し上げるエンジンとなっています。学校側も男子が外部受験に挑むことを前提としたカリキュラムと学習環境を整えており、高学年になると授業の進度や放課後の補習体制、学習習慣の定着指導が非常に機能的になります。その結果として叩き出される男子の進学実績は圧巻であり、灘中学校、甲陽学院中学校、洛星中学校、洛南高等学校附属中学校、東山中学校、同志社系中学校など、関西屈指の最難関・難関校に毎年多数の合格者を輩出しています。
一方、女子児童の進路選択は多様化が進んでいます。併設のノートルダム女学院中学校への内部進学割合はおよそ3割から4割程度で推移しており、指定校推薦枠や内部推薦制度を活用して中高一貫の女子教育環境へ進む道が用意されています。同時に、女子であっても難関国公立・私立中学を目指して外部受験に挑む児童が半数以上を占める学年もあり、洛南女子、洛星（共学化以降）、京都共学校、神戸女学院中学校、四天王寺中学校などを目指す動きが活発です。
「系列校があるから安心」という生ぬるい空気ではなく、学校全体が互いの高い志を尊重し合い、切磋琢磨する独特のアカデミックな文化が校内に醸成されています。受験直前期にも学校側が児童の精神的ケアに配慮し、偏りのない人間教育を継続する姿勢は、多くの進学塾関係者からも高く評価されています。
