チョコパイは水分活性が比較的低くコントロールされているため、腐敗菌が爆発的に繁殖することは稀ですが、保管場所の温湿度が高いと劣化スピードは一気に加速します。変質が進んだチョコパイには、はっきりとした危険サインが現れます。
酸味のあるツンとした異臭やアルコール臭、古い粘土や機械油を思わせる酸化臭が漂うものは重度に劣化しています。また、割った際にクリームが黄色く濁っていたり、糸を引くような粘り気がある場合も細菌繁殖のサインです。
酸化した油脂（過酸化脂質）を大量に摂取すると、胃粘膜を刺激して嘔吐や腹痛、下痢を招く原因になります。特に小さな子どもやお年寄りは消化器官がデリケートなため、少しでも違和感を覚える状態のものは口に運ばせない配慮が欠かせません。
