大型連休やお盆、そして年末年始にかけては、通常ダイヤとは全く異なる特別営業体制が敷かれます。アニメイト新潟は独立路面店ではなく、ファッションビルである万代シテイBP2のインテナントであるため、テナント独自の判断ではなく「ビルボードプレイス全体の営業カレンダー」に完全に同期する仕組みです。
特に注意が必要なのが年末年始のスケジュールです。例年の動向および館内運営指針によると、12月31日（大晦日）は18:00までの短縮営業となり、夜間の営業が大幅に削られます。さらに1月1日（元日）は施設全体が休館日に指定される運用が定着しており、アニメイト新潟も終日シャッターを閉じる体制が通例です。
年明けの初売りとなる1月2日は、福袋商戦や限定グッズの発売が重なることから、混雑緩和のために午前9:30前後にアーリーオープン（前倒し開店）が実施される事例が頻発しています。三が日を過ぎた1月4日頃から通常ダイヤへ順次復帰していくため、年末年始に帰省や観光を兼ねて新潟店を訪れる場合は、公式発信の特別タイムテーブルを直前に照合することがトラブル回避の絶対条件となります。
