三木谷浩史氏の家族構成は、本人、妻の三木谷晴子（みきたに はるこ）氏、そして長男と長女の計4人家族です。「子供は何人いるのか」という疑問に対しては、公式な言及や過去の取材記録から「1男1女の2人」であることが確定的な事実として知られています。
子供たちの正確な生年月日はプライバシー保護の観点から厳重に伏せられているものの、創業前後のタイムラインや本人の自著における言及から、長男は1990年代後半から2000年代初頭の生まれ（現在は20代半ばから後半）、長女はその数歳年下（現在は20代前半）と推定されます。夫妻が新婚期を過ごした興銀（現・みずほ銀行）時代、そして楽天を1997年に立ち上げて怒濤の快進撃を続けていた激動の時期に、2人の子供たちは誕生しました。
生活の拠点として知られるのが、東京都渋谷区の屈指の高級住宅街に構えられた松濤の広大な邸宅です。敷地面積数百坪とも評される要塞のような大邸宅は、単なる住居にとどまらず、国内外の政財界要人や世界的VIPを招くサロンとしての機能も併せ持っています。こうした規格外の環境で育ちながらも、夫妻の教育方針は「過度な特権意識を植え付けず、世界どこでも生き抜ける個人のタフネスを養う」という極めて自立的なものでした。
特に妻の晴子氏は、日本興業銀行に総合職として勤務した卓越したキャリアウーマンであり、楽天の創業初期には副社長格として財務・総務の実務を支えた事実上の共同創業者です。家庭内においても、父親の強烈なリーダーシップと母親の現実的かつ緻密な視点が絶妙なバランスを保ち、子供たちの人格形成に決定的な影響を与えたと伝えられています。
