物語の核心にあるのは、「学校に居場所を失った中学生たちが、なぜ鏡の城に招かれたのか」という問いです。城を統べる「オオカミさま」から提示された条件は、城のどこかに隠された「願いの鍵」を見つけ、秘密の部屋で願いを1つだけ叶えること。ただし、誰か1人が願いを叶えればその瞬間に城は閉じられ、全員の城に関する記憶は消去されるという厳しい制約が課されていました。
日々の交流の中で7人は次第に心を開き、現実世界での苦しみを共有していきます。不登校の原因はいじめ、家庭内での孤立、受験の挫折、部活での疎外感など様々ですが、全員が「雪科第五中学校」の生徒であるという共通項を見出します。「現実の学校で集まろう」と約束を交わした彼らでしたが、約束の日の放課後、学校に集まることができた生徒は1人もいませんでした。この不可解なすれ違いこそが、物語最大の叙述トリックへと繋がっていきます。
終盤、精神的に追い詰められたアキが「掟」を破って開城時間を過ぎても城に居残ったことで、連帯責任として赤ずきんの童話を模した巨大な「狼」が現れ、アキを含む仲間たちが次々と捕食されてしまいます。1人生き残ったこころは仲間を救うため、命がけで城に潜入して「願いの鍵」を発見。仲間を救出するために願いを行使し、全員が元の世界へと帰還する結末を迎えます。
