ファンを落胆させたもう一つの大きな要因が、マイナーチェンジ版『ポケットモンスター プラチナ』で評価された追加要素の多くが採用されなかった点だ。「破れた世界」の探索や、手ごたえのある施設が揃っていた「バトルエリオ」の不在は、完全版のクオリティを求めていたゲーマーにとって惜しまれるポイントとなった。
さらに追撃となったのが、発売直後に発生した数々の不具合だ。アイテムやポケモンが意図せず増殖するバグ、壁を抜け出せなくなる進行不能バグがSNSで瞬く間に拡散され、作品の信頼性は大きく揺らいだ。「未完成のまま世に出されたのではないか」という厳しい批判が相次いだのも記憶に新しい。