なぜエヴァンゲリオン3号機は狙われたのか。そこには特務機関NERV内部の複雑な政治的駆け引きと、人類補完計画を巡るドロドロとした暗雲が立ち込めている。米国からの突然の機体引き渡し要求、そして松代という東京から離れた実験場の選定――。すべてが仕組まれていたかのような不穏な空気が漂う。
設定資料や作中の細かな伏線を読み解くと、使徒の侵食は単なる偶然ではなく、機体の運搬工程から既に始まっていた可能性が示唆されている。ゲンドウと冬月が冷酷に見つめる中、ダミーシステムの稼働スイッチが押された瞬間、NERVという組織が秘める「人間性の欠如」と「冷酷な合理主義」が浮き彫りとなった。
