日本大学付属校を選択する最大の動機とも言えるのが、日本大学16学部87学科（文理、法、経済、商、芸術、理工、医、歯、薬など）への内部推薦制度です。しかし、この制度は「出席日数を満たしていれば誰でも入れる」という甘いものではありません。
内部進学の合否を決定づける中核が、全国26校の日本大学付属高校の全生徒が一斉に受験する「日本大学基礎学力到達度テスト」です。高校1年4月（参考）、高校2年4月、高校3年4月、そして高校3年9月に実施されるこのテストの標準化得点と全国順位が、日大三島の内部推薦基準の絶対的な指標となります。
全国の付属生約1万人の中で上位何％に位置しているかによって、志望学部の推薦枠が配分されます。医学部医学科や歯学部、獣医学科、芸術学部、法学部などの看板学部・難関学科は全国トップ層の熾烈な争奪戦となります。取材した卒業生の手記でも「3年9月の最終テスト直前は、一般入試さながらの緊張感が教室に漂っていた」と語られており、早期から基礎学力を積み上げておく計画性が合否を分けます。
