ネット上の掲示板や知恵袋、保護者コミュニティの口コミで頻繁に話題に上るのが、六甲学院独特の規律ある生活指導です。特に有名なのが「中間体操（上半身裸で行う伝統の体操・運動）」や、生徒自身が素手やブラシを用いて徹底的に校舎を磨き上げる「トイレ掃除」、そして生徒自治組織である「総室」の存在です。
一見すると古風で厳格に見えるこれらの取り組みについて、卒業生や保護者への取材からは全く異なる景色が見えてきます。あるOB（大手医療機関勤務・30代医師）は当時の記憶を次のように振り返ります。
「入学当初は上半身裸での中間体操や便所掃除に戸惑いもありました。しかし、上級生が率先して膝をつき、誰よりも美しく便器を磨き上げる姿を見るうちに、驕りや見栄を捨てる姿勢が自然と身につきました。医学部や社会に出てから直面する困難な局面でも、『人が嫌がる仕事を泥臭くやり切る力』は六甲で叩き込まれた精神的支柱になっています」
また、保護者の口コミにおいても「反抗期で生活リズムが乱れがちな男子中学生を、学校が責任を持って規律正しく育ててくれる」「上下関係の礼節を学びつつも、生徒同士の絆が一生モノになる」といった好意的な評価が圧倒的多数を占めています。形骸化したスパルタではなく、人間教育としての明確な哲学に基づいている点が、同校の揺るぎない評判を形成しています。
