回復期を迎えた患者の多くが直面し、時に深い不安を抱くのが「治りかけのおならが信じられないほど臭い」という現象です。ネットの掲示板やSNSでも「硫黄のような臭いがする」「腐った卵の臭いで家族に嫌がられた」という悲鳴が散見されます。なぜ、病原体が減っているはずの回復期に、これほど悪臭を放つガスが大量発生するのでしょうか。
その背景には、激しい下痢によって引き起こされた腸内環境の壊滅的破壊と悪玉菌の跳梁跋扈（ちょうりょうばっこ）が存在します。人間の腸内には約100兆個もの細菌が共生していますが、数日間に及ぶ頻回の水様便によって、ビフィズス菌や乳酸菌といったデリケートな「善玉菌」の大部分が便とともに物理的に押し流されてしまいます。
善玉菌が激減して自浄作用が失われた腸内には、炎症によって剥がれ落ちた腸粘膜の壊死組織、白血球の残骸、出血成分、そして消化不良のまま残ったタンパク質が大量に蓄積しています。このタンパク質を大好物とするのが、ウェルシュ菌や大腸菌をはじめとする「悪玉菌（腐敗菌）」です。生き残った悪玉菌は、競争相手がいない無防備な腸内で急速に増殖し、タンパク質の残渣をエサにして爆発的な腐敗発酵を開始します。
この腐敗プロセスにおいて生成されるのが、以下の強烈な悪臭成分です。
- 硫化水素：腐った卵のようなツンとする刺激臭の主成分。腸粘膜の炎症部位からも産生されやすい。
- メチルメルカプタン：腐ったタマネギのような強い異臭。微量でも極めて不快な臭気を放つ。
- インドール・スカトール：便特有の糞便臭を形成する窒素化合物。タンパク質の分解過程で過剰生成される。
つまり、治りかけに「胃腸炎のおならがよく出る」「尋常じゃなく臭い」というのは、悪化しているのではなく、大荒れになった腸内環境を修復する過程で生じる一時的な副産物に過ぎません。善玉菌が再び増殖して腸内フローラのバランスが正常化するにつれて、ガスの量も臭いも自然と元の穏やかな状態へと落ち着いていきます。
