映画版と原作漫画の最大の相違点は、「ともだち」の動機付けの描き方と、結末におけるケンヂの救済アプローチにあります。
原作漫画『21世紀少年』ではカツマタの存在が極めて抽象的かつ不気味な影として描かれ、読者の解釈に委ねられる余白が多く残されていました。一方、映画版では実写としてのカタルシスを重視し、佐々木蔵之介や神木隆之介（中学時代のカツマタ役）らの名演によって、「誰からも名前を呼んでもらえなかった少年の孤独」をダイレクトに具現化しています。
さらに、DVD・Blu-rayの特典やテレビ特別版などで公開された「もう一つのエンディング（バージョン違い）」では、エンドロール後のバーチャルアトラクションのシーンにおいて、屋上のカツマタに対してケンヂが「お前、カツマタ君だろ」と名前を呼びかけ、万引きの濡れ衣を着せた過去を正式に謝罪する場面がより鮮明に補完されました。この対話こそが、地球滅亡の危機を招いた長年の呪縛を解く真の鍵となっています。
