近江兄弟社高校の進路実績を語る上で最大のストロングポイントといえるのが、関西の名門私立大学である「関関同立」への圧倒的な合格パイプです。同校は長い歴史と教育理念への信頼に基づき、関西学院大学、同志社大学、立命館大学、関西大学各校から毎年多数の指定校推薦枠を確保しています。
特にプロテスタント系キリスト教校としてのネットワークから、関西学院大学や同志社大学への進学適性に優れており、校内選考を通過して早期に進路を確定させる生徒が少なくありません。もちろん推薦枠にとどまらず、アーツサイエンスクラスを中心に一般選抜や総合型選抜での合格者も数多く輩出しています。
国公立大学の実績においても、地元・滋賀大学や滋賀県立大学をはじめ、京都教育大学、福井大学など近隣の国公立大への現役合格者を継続的に出しています。学校推薦型・総合型選抜への対策指導が手厚い点も、近年の大学入試改革において高い合格実績を支える要因となっています。
