いとこと「はとこ」の最大の違いは、「共通の先祖がどの世代にいるか」という点に尽きます。
日常会話で親しみのある「いとこ」は、自分の親の兄弟姉妹の子どもです。家系図を上へとたどると、あなたとお相手は「同じ祖父母(おじいちゃん・おばあちゃん)」から枝分かれしていることが分かります。
一方の「はとこ」は、自分の祖父母の兄弟姉妹の孫にあたる人物です。家系図をもう1世代高くさかのぼり、「同じ曽祖父母(ひいおじいちゃん・ひいおばあちゃん)」を持つ関係性になります。つまり、「自分の親のいとこの子ども」あるいは「自分のいとこの子どもと同世代のはとこ関係」とイメージすると把握しやすいはずです。
世代の位置づけとしては、どちらも自分と同じ「同世代(世代間ギャップのない水平な関係)」に属しますが、血の濃さという点では世代を1つ余分にさかのぼる分、はとこのほうがより遠い親戚に位置づけられます。