学校の評判を語る上で欠かせないのが、全国的にも傑出した昭和薬科大学附属中学校の医学部進学実績です。同校の卒業生約200名のうち、毎年50名前後から多い年では60名以上が国公立・私立大学の医学部医学科に合格を果たしています。地元・琉球大学医学部医学科の合格者ランキングでは毎年圧倒的な首位を独走し、九州大学をはじめとする旧帝国大学医学部や難関私立医科大学への進学者も多数輩出しています。
医学部にとどまらず、東京大学、京都大学、東京科学大学（旧東京工業大学・東京医科歯科大学）といった最難関国立大学や、早稲田・慶應義塾大学などへの進学数を含めた昭和薬科大学附属中学校の合格実績は、離島県・沖縄という地理的ハンディキャップを完全に払拭する威容を誇ります。
この圧倒的な実績を支えているのが、中学3年間で高校初年次までの基礎課程を終える独自の先取りカリキュラムです。高校2年修了時までに高校課程の全科目を概ね完了させ、高校3年次は徹底した演習と共通テスト・二次試験対策に専念する教育課程が確立されています。さらに、校内に医学部志望者向けの特別講座やOB・OGの医師による進路講演会が日常的に組み込まれており、周囲の仲間と切磋琢磨しながら高い志を維持できる集団心理が、合格力を底上げする最大の推進力となっています。
