同院の最大の強みとして全国的にも認知されているのが、大阪南医療センター リウマチ膠原病科（臨床研究部・アレルギー・リウマチ科）です。関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、強皮症、ベーチェット病など、診断・治療の難易度が高い自己免疫疾患において、国内有数の症例数と研究成果を誇ります。
特に特筆すべきは、基礎研究と臨床現場の密接な連携です。高松研究室長らによる大阪大学との共同研究チームが、難治性疾患であるベーチェット病の病態解明に迫る画期的な研究成果を国際的学術誌『EMBO Journal』に発表するなど、世界基準の先端知見が日々の外来・入院診療に直結しています。生物学的製剤やJAK阻害薬をはじめとする最新分子標的薬の適切な導入、リハビリテーション科との連携による関節機能温存療法など、患者一人ひとりのQOL（生活の質）を見据えた包括的医療が提供されています。
また、がん診療連携拠点病院として消化器外科、呼吸器内科、乳腺外科、血液内科が連携する集学的がん治療や、循環器病センターによる心筋梗塞・心不全への24時間カテーテル対応、大阪南医療センター 健康診断 人間ドックを通じた生活習慣病やがんの早期発見プログラムなど、幅広い高度専門医療を支える外来診療担当医表が定期的に更新されています。
