本部港を訪れるドライバーにとって最大の関心事が「駐車場問題」です。ターミナル前には約200台規模の無料駐車場が整備されています。
しかし、この本部港フェリーターミナル駐車場は「完全無料」であるがゆえに慢性的な混雑を抱えています。伊江島在住者が本島側に自家用車を長期留置して通勤・通院・出張するケースや、観光客が日帰り・宿泊で駐車していく需要が重複するためです。特に4月下旬〜5月の「伊江島ゆり祭り」期間や夏季ハイシーズンは、午前9時台の時点で満車となり、空き待ちの車列が発生することも珍しくありません。
満車時のトラブルを防ぐためにも、公共交通機関を活用した本部港フェリーターミナルアクセスも有力な選択肢です。那覇空港や那覇市内からは「やんばる急行バス」や「沖縄バス（117系統・高速バス）」がターミナル前（本部港バス停）まで直通運行しており、乗り換えなしでアクセスできます。
さらに、本部港から美ら海水族館バス移動も非常にスムーズで、路線バスを利用すれば約15分〜20分で海洋博公園へ到着します。「那覇→本部港→伊江島日帰り観光→美ら海水族館周辺ホテル宿泊」というレンタカー不要の周遊ルートを組む観光客が増加しています。
