この楽曲が音楽ビジネスの歴史においても特筆されるのは、その桁外れの印税規模です。及川眠子氏はテレビ番組やインタビューにおいて、同曲による印税収入の生々しい実態を包み隠さず告白し、大きな話題を呼びました。
『残酷な天使のテーゼ』は、1990年代後半のCDセールス(ミリオンセラー)に留まらず、2000年代以降の通信カラオケの普及によって毎年莫大な著作権使用料を生み出し続けました。カラオケで1回歌われるごとに発生する作詞印税は約1円から2円程度とされていますが、全国のボックスで年間数千万回歌われ続けることで、安定して数千万円規模の年収が作詞家へもたらされます。
さらに印税額を桁違いに跳ね上げたのが、2000年代半ばから始まった「パチンコ・パチスロ機への楽曲搭載」でした。パチンコ機『新世紀エヴァンゲリオン』シリーズはパチンコ史上に残るメガヒットを記録。及川氏の手元には、遊技機の製造・稼働に伴う印税として、多い時には4ヶ月ごとに3,000万円以上、ピーク時の年間印税は1億円を優に超える額が振り込まれました。これまでに彼女が同曲関連で得た印税総額は6億円を突破していると公表されています。