ショップの水槽に混泳している場合でも、両者の形態的特徴を把握していれば判別は難しくありません。最大の違いは成体時の絶対的なサイズ差と、体側部に見られる斑点模様の配列です。
ヤマトヌマエビは成体で約4〜6センチメートルまで巨大化し、体側に赤褐色から暗褐色のドット(斑点)が規則正しい破線状に並びます。メスはこの斑点が横に繋がってダッシュ状のストライプに見える特徴があります。対するミナミヌマエビは成体でも約2〜3センチメートルと小柄で、体色は環境や底床の色、個体の心理状態によって透明、緑色、暗褐色、黒色、時には赤みを帯びるなど極めて多彩に変化します。背中に一本の明瞭な淡色ラインが走る個体が多いのもミナミヌマエビの見分け方として有効です。
ヤマトヌマエビの寿命と大きさは、水槽の運用計画に直接直結します。小型熱帯魚と同等以上の巨躯を持つヤマトヌマエビは、良好な水質環境下であれば3年から5年にわたって生存します。中には6年以上生き延びる強健な個体も報告されており、使い捨て感覚の掃除屋ではなく、長期間付き合う主役級の生体としての配慮が求められます。