伏見奉行所跡をめぐる人間ドラマは、これまで数々の名作エンターテインメント作品で描かれ、人々の心を魅了し続けてきた。司馬遼太郎の名作を映像化した映画『燃えよ剣』では、土方歳三の視点から伏見奉行所における壮絶な銃撃戦と隊士たちの誇りが圧倒的なスケールで描写された。
また、三谷幸喜脚本の大河ドラマ『新選組！』でも、伏見奉行所は物語のクライマックスに向けた極めて重要な拠点として登場する。時代劇・歴史ドラマというジャンルにおいて、伏見奉行所跡は単なる歴史的スポットを超え、時代の変革に翻弄される男たちの生き様を象徴する聖地として確立している。
