多くのプレイヤーが「本作の難易度を一変させた」と口を揃えるのが、宇宙戦艦ヤマト2199とマジンガーZERO、マジンエンペラーGの圧倒的な火力構造です。
宇宙戦艦ヤマト2199の育成評価において特筆すべきは、沖田十三艦長のエースボーナス「指揮範囲内の味方への与ダメージ+10%、被ダメージ-10%」という破格のバフ効果です。ヤマト自身もパイロットが複数搭乗しているため精神コマンドが極めて豊富であり、「突撃」「必中」「熱血」を惜しみなく使えます。パーツスロットに移動力強化や消費EN軽減アイテムを積むだけで、単機で敵軍を蹂躙する移動要塞が完成します。
一方、スーパー系の極致であるマジンガーZEROの入手条件と性能は、本作最大のハイライトです。甲児のエースボーナス（気力130以上で与ダメージ1.2倍）と、気力150で発動する「魔神パワー（与ダメージ1.2倍）」が乗算で重複するため、通常攻撃ですら他機体の必殺技クラスの数値を叩き出します。
さらにマジンエンペラーGの性能評価も見逃せません。鉄也の熱血・不屈を交えた「エンペラーソード」や「サンダーボルトブレーカー」の火力は単体でもトップクラス。甲児のマジンガーZEROと並び立たせることで放てる合体攻撃「魔神双皇撃」は、ボス敵の装甲を紙のように切り裂く威力を誇ります。
