附属高校という名称から「全員がお茶の水女子大学にエスカレーター進学する」と誤認されがちですが、実態は大きく異なります。学校公式の進路統計によると、お茶の水女子大学への特別協定・内部推薦枠を利用して進学する生徒は学年全体の2割から3割程度にとどまります。
残る7割以上の生徒は、外部の難関国立大学や私立大学への一般選抜・総合型選抜へ挑む構造です。進学実績の内訳を見ると、東京大学、京都大学、一橋大学、東京科学大学（旧東工大・東京医科歯科大）をはじめとする旧帝国大学・難関国公立大へ毎年二桁規模の合格者を輩出。さらに国公立・私立の医学部医学科への進学者も堅調です。
早稲田大学や慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学といった難関私立大学の合格者数は毎年延べ100名を超え、生徒一人ひとりが自分の専門志向（文系・理系・芸術系）に合わせて進路を切り拓いています。お茶大に設置されていない学部（法学部、経済学部、医学部、理工系特定分野など）を目指す生徒が、迷いなく外部受験を選択できる土壌が進路指導の根底に根付いています。
