酸っぱいような生乾き臭やドブのような悪臭、あるいは触ったときのヌメリが気になる場合は、酸性皮脂や雑菌の繁殖が主原因です。このケースでは、アルカリ性の重曹でのつけ置きが絶大な消臭・除菌威力を発揮します。ぬるま湯に重曹を溶かし（水1リットルあたり大さじ1〜2杯）、30分から1時間ほど浸すことで、臭いの元を根本から分解してくれます。
さらに頑固な黒カビの斑点や強烈な臭いに対しては、酸素系漂白剤であるオキシクリーンの活用も選択肢に入ります。ただし、フィルターの素材によっては繊維が傷んだり脱色したりする恐れがあるため、必ず機器の取扱説明書を確認し、短時間（15〜30分程度）で様子を見ながら加湿器フィルターのカビ除去を行いましょう。塩素系漂白剤の使用はフィルター破損や有毒ガス発生の原因になるため厳禁です。
