日本の大学序列において、東京科学大学はどこに位置づけられるのでしょうか。従来の「旧帝大＋一工」という枠組みは、統合を経て「東京大・京都大に次ぐ総合理系・医療系の巨大中核」へと再編されつつあります。
医学部に関して言えば、旧東京医科歯科大学はもともと国公立医学部の中で東京大学理科三類、京都大学医学部に次ぐ「第三の頂点」として君臨してきました。大阪大学医学部や東北大学医学部といった名門旧帝大と比較しても、立地（御茶ノ水・湯島エリア）の優位性と高度な臨床・研究実績から、首都圏最優秀層の第一志望として強固なブランド力を保ち続けています。
一方、理工系（旧東工大系）の序列は、東京大学理科一類、京都大学工学部・理学部と並び称されるポジションです。大阪大学工学部や東北大学工学部などの地方旧帝大と比較した場合、首都圏の産業集積地に近い大岡山キャンパスの立地力、そして就職・インターンシップにおける圧倒的な利便性から、偏差値・入学者学力ともに旧帝大上位を凌駕する場面が多々見られます。
統合によって「指定国立大学法人」としての研究資金獲得力や産学連携基盤が飛躍的に強化された結果、国際大学ランキング（QSやTHE）における評価指標も大きく上昇しました。単科大学ゆえに総合ランキングで不利を被っていた両者が合体したことで、世界大学ランキングでも東大・京大に次ぐ国内トップ3のポジションを射程圏内に捉えています。
