境内の見どころは本堂だけに留まらない。池に浮かぶ朱色の美しいお堂「金閣浮見堂(仲麻呂堂)」は、水面に映える姿が実に見事だ。ここでは七難即滅や魔除けを祈願する参拝が行われており、参拝者は回廊を巡りながら自身の厄を払うことができる。
また、国指定史跡である「文殊院西古墳」も見逃せない。特別史跡級の価値を持つこの石室は、切石の積み上げ技術が極めて緻密であり、古代の土木・建築技術の高さに圧倒される。春には境内を彩る桜、秋には燃えるような紅葉が歴史的建造物と見事なハーモニーを奏で、散策する人々の目を楽しませてくれる。