本宮からさらに奥へと進んだ先に佇む「奥宮（おくのみや）」は、貴船神社発祥の地であり、日本三大龍穴の一つとされる神聖な場所です。この奥宮周辺では、特に神秘的な体験談が多く寄せられています。
「本殿前で手を合わせた瞬間に無風の境内へ突如として一陣の風が吹き抜けた」「見上げた空に龍の形をした雲がくっきりと現れた」「木漏れ日が不自然なほど自分だけにスポットライトのように差し込んだ」など、自然現象を通じたメッセージを受け取る人が少なくありません。奥宮の本殿真下には巨大な龍穴が眠っていると伝えられており、大地から噴き出す純粋な霊力が人々の五感を鋭敏に研ぎ澄ますからだと考えられます。
