屋外型パークゆえに、ネット上の口コミ・評判でよく見られるのが「ハーモニーランドは雨の日だと楽しめないのではないか」という懸念です。しかし、実際の現場構造と運営体制を検証すると、雨天時でも十分に楽しめる工夫が凝らされていることが分かります。
まず、メインエントランスから続く「ハーモニービレッジ」には巨大な開閉式ルーフ（大屋根）が設置されており、雨天であっても濡れることなくパレードやキャラクターショーを鑑賞可能です。さらに、以下の施設は完全屋内または屋根付きエリアとなっており、悪天候時でも快適に利用できます：
- キティキャッスル：完全屋内施設のため、天候に関係なくキティとの対面や記念撮影が可能。
- サンリオキャラクターボートライド：水上を巡るボートライドで、大半が屋内演出エリアで構成。
- プラザステージ / フェスティバルプラザ：屋根付きの客席・売店が完備され、限定ショーやショッピングを安心して満喫可能。
- 雨の日限定グリーティング：屋外での触れ合いが制限される代わりに、屋根付きエリアでキャラクターたちがレインコート姿などの特別な装いで登場するサプライズも発生。
屋外のジェットコースターなど一部の大型ライドは安全基準により運休する場合がありますが、雨の日は全体の来園者数が大幅に減少するため、「人気キャラクターとの写真撮影やボートライドの待ち時間が極めて短くなる」という大きな副次メリットも存在します。雨具と歩きやすい防水靴を用意しておけば、悪天候でも充実した滞在が可能です。
