脇芽取りの作業効率と株の健康状態を左右するのが、「タイミング」と「気象条件」です。脇芽は発見次第むやみに引きちぎればよいというものではなく、植物病理学に基づく明確な実施基準が存在します。
まず大きさの基準は、「脇芽の長さが3cmから5cm程度」に達したタイミングです。このサイズであれば、手で横に軽く倒すだけで「ポキッ」と綺麗に基部からかき取ることができ、組織の裂傷を最小限に抑えられます。10cm以上に伸びて太くなってから切ると、傷口が大きくなるだけでなく、茎の繊維が裂けて主枝の表皮を巻き込み、雑菌の侵入口を作ってしまいます。
また、作業日として「カラッと晴れた日の午前中」を選ぶことは鉄則です。トマトの維管束内は日中の蒸散作用によって強い水流が生まれており、晴天下の午前中に芽をかき取ると、切断面の細胞が日光と乾燥によって急速にコルク化（カルス形成）し、数時間で自己修復します。これが雨天や夕方だと、高湿度によって傷口がいつまでも乾かず、空気中に浮遊する軟腐病菌や細菌性の斑点細菌病に感染するリスクが極端に高まります。
