防衛医科大学校が他の大学医学部と決定的に異なるのは、入学した時点で学生が「特別職国家公務員」の身分を得る点だ。このため、学費支給制度により入学金や授業料は一切かからない。それどころか、毎月約11万5,000円の学生手当と、年2回の期末手当（ボーナス）が支給される。
この制度は防衛省の予算から拠出されており、将来の幹部自衛官となるべき人材を育成するための国家的投資と言える。防衛大臣の命を受けて公務に従事する自覚が求められるため、単なる学費免除特待生とは一線を画す重みがある。経済的な心配を一切せずに医学研究と臨床訓練に没頭できる環境は、他大学にはない最大の強みだ。
