加古川南高校の最大のアピールポイントは、1年次に実施される「産業社会と人間」をはじめとする手厚いキャリア教育と、2年次以降に広がる多彩な系列選択科目です。画一的な時間割をこなす普通科と異なり、将来の進路や興味関心に合わせて自分で時間割を組み立てる大学のようなシステムが導入されています。
展開されている系列は、大学進学を視野に入れた「人文・自然系列(文系・理系)」から、商業・簿記・情報処理を実践的に学ぶ「情報・ビジネス系列」、保育・調理・福祉の資格や基礎を身につける「生活・福祉系列」、実技力を磨く「芸術・スポーツ系列」まで多岐にわたります。まだ将来の夢が定まっていない生徒でも、1年をかけて自分自身の適性を見つめ直しながら専門分野を深められる環境が整っています。