メーファールアン大学には、グローバル社会のニーズに即した14以上のスクール（学部・大学院組織）が設置されています。経営学部（School of Management）、教養学部（School of Liberal Arts）、情報技術学部（School of Information Technology）といった定番の専攻はもちろん、同大学ならではのユニークな看板学部が多数存在します。
代表的なのが、タイ国内および東南アジアで先駆的な地位を確立している化粧品科学部（School of Cosmetic Science）です。ハーブや天然資源を活用したコスメ開発から薬理学、商品マーケティングまでを統合的に学べるアジアでも稀有な学部として、各国の美容・製薬業界から熱い視線が注がれています。さらに、農産加工や食品バイオを学ぶ農産業学部（School of Agro-Industry）も国際的に高い評価を得ています。
近年、検索や問い合わせが増加しているのが医学部（School of Medicine）および統合医療学部（School of Integrative Medicine）です。メーファールアン大学は最先端の大学病院をキャンパス内に併設しており、タイの伝統医学と西洋医学を融合させた教育を実施しています。ただし、正規の医学部（医師養成課程）に関してはタイ語での臨床実習やタイ国内の医師免許取得を前提とした選考基準が厳格に課されるため、一般的な日本人学部留学生にとっては統合医療や抗加齢医学（Anti-Aging）、公衆衛生分野のプログラムが現実的な選択肢となっています。
