モンスター図鑑のコンプリートを目指す上で、もっとも恐るべきは確率の壁ではなく、二度と埋めることができなくなる「期間限定モンスター」の見落としです。一度ストーリーを進行させてしまうと、どれほど時間をかけても該当セーブデータでは図鑑完成が不可能になります。
特に危険地帯とされるのが「幼年期」のエピソード群です。サンタローズの洞窟深層に出現する一部モンスターや、レヌール城周辺の出現テーブル、古代の遺跡周辺など、青年時代に突入すると生息地域そのものが消滅、あるいは出現テーブルが完全に刷新されるケースが存在します。具体的には「おばけキャンドル」や「メラリザード」といった序盤の象徴的モンスターであっても、青年期に特定の限られた小島やごく狭い海域でしかエンカウントできなくなるなど、探索の難度が跳ね上がります。
また、PS2版、DS版、スマートフォン版のリメイク作品群では、ボスキャラクターも撃破時に図鑑へ自動登録される仕様となっています。イベント戦闘で戦う中ボスや一度きりのボスを撃破した際、図鑑の撃破数には「1」と刻まれますが、一部の戦闘では「アイテムを100%ドロップする設定」がある一方、通常ドロップ枠が空欄になってしまうケースを嫌って完璧なアイテム欄埋めを目指すマニア層の間で厳密なリセマラが行われるほどです。
仲間にしたモンスターを管理する「モンスターじいさん」の預かり上限にも注意を払わなければなりません。預かり所がいっぱいの状態で戦闘を終えると、せっかくの加入ダイアログが発生しても仲間に迎え入れることができず、泣く泣く別れを選ぶ事態に陥ります。レアモンスター捕獲に挑む前には、必ず預かり所の空き枠を2〜3枠確保しておくことが現場鉄則です。
