多くの患者を惑わせる最大の要因は、人食いバクテリアの初期症状が一般的な体調不良や筋肉痛と酷似している点にあります。発症初期には38度以上の急な発熱、悪寒、倦怠感、咽頭痛といった風邪様症状が現れることが多く、この段階で劇症化を予見することは医師であっても容易ではありません。
しかし、決定的な分岐点となるのが手足の激痛と局所の異常な変化です。外傷や打撲の心当たりがないにもかかわらず、手足の特定の部位に「焼け付くような耐え難い痛み」が走り、数時間のうちに発赤や腫れが広がっていきます。見た目の傷口の小ささに比べて、自覚する痛みが異常に強い（不釣り合いな激痛）ことが、本感染症の最も重要な危険信号です。
病勢が深部の筋膜へと達すると、壊死性筋膜炎の症状が顕在化します。皮膚は赤紫色から黒色の紫斑（しはん）へと変色し、水疱（水ぶくれ）や血豆が多発。組織の腐敗に伴って神経が破壊されると、激痛から一転して感覚が麻痺する無痛状態へと移行します。この段階ではすでに全身の血圧が急降下し、ショック症状や多臓器不全に陥っている危険性が極めて高くなります。
