現在、亀屋万年堂は東京都内および神奈川県を中心に直営店舗を展開しています。フラッグシップである自由が丘本店（東京都目黒区自由が丘1-15-12）は、広々とした売り場に限定スイーツや生菓子が美しくディスプレイされ、多くの買い物客で賑わっています。
各店舗の一般的な営業時間は9:00〜19:00（一部商業施設内店舗は施設基準に準拠）となっており、駅前立地が多いため通勤・お出かけ帰りの購入にも便利です。
また、遠方の方や法人需要には公式オンライン通販ギフトが充実しています。のし（熨斗）対応や季節限定アソートの指定、全国配送のスムーズな手配が可能となっており、お中元・お歳暮・冠婚葬祭の返礼品としても高い利便性を誇っています。
