ネフェルピトーを語るうえで外せないのが、長年ファンの間で激論が繰り広げられている性別論争です。原作の初登場時、ピトーは一人称に「ボク」を使い、フラットな胸元と少年のような立ち振る舞いを見せていました。一方で、物語が進むにつれて腰回りの丸みや胸のふくらみが強調される描写が増え、女性的なプロポーションへと変化していきました。
公式ガイドブック『HUNTER×HUNTER ハンターズ・ガイド』では、ピトーを指して「彼」という代名詞が使われている箇所があります。また、キメラアントの生態として「次世代の王を産む女王」以外の兵隊アリは基本的に生殖能力を持たないオスであるという設定も存在するため、生物学的にはオス（男性型）ではないかという説が根強く支持されてきました。
しかし、2011年版テレビアニメでネフェルピトーの声を担当した声優・藤村歩さんの妖艶かつ可憐なボイスや、単行本28巻表紙で見せたしなやかな肉体美から、ネット上では「どう見ても女の子」「ネフェルピトーがかわいすぎる」という声が圧倒的多数を占めています。結論として、作者の冨樫義博氏はピトーの性別をあえて明言せず、猫のような気まぐれさと中性的な魅力を意図してデザインしたと考えられています。
