物語の全体像を俯瞰するため、まずは歴代のメインストーリーを大きく5つのフェーズに分割した名探偵コナンストーリー早見表として整理します。どの時代に誰がキーパーソンとなり、どのような謎が提示されたのかを把握することが理解への第一歩です。
各時代の転換点となるエピソードは、ファンの間でも「神回」と称される濃密なサスペンスが凝縮されています。特に以下の原作回アニメ話数は、ストーリーの骨格を成す最重要ポイントです。
【第1期：初期・組織との接触と灰原哀の登場（第1話〜第178話）】
すべての始まりである第1話「ジェットコースター殺人事件」をはじめ、ジンのコードネームが判明する重要回が続きます。最大のターニングポイントは、第129話「黒の組織から来た女 大学教授殺人事件」です。元組織の科学者シェリーこと灰原哀が初登場し、毒薬「APTX4869」の存在と工藤新一の幼児化の背景が一気に明かされました。さらに、第176〜178話「黒の組織との再会」では、組織の幹部ピスコの粛清とジンの冷酷さが描かれ、灰原哀の正体発覚の危機という緊迫したサスペンスが展開します。
【第2期：ベルモット編（第226話〜第345話）】
英語教師ジョディ・サンテミリオン、新出智明医師、謎の男・赤井秀一が相次いで登場し、視聴者を巻き込んだ「誰がベルモットなのか」という高度な心理戦が繰り広げられます。このピリオドの集大成となる第345話「黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二重ミステリー」（2.5時間スペシャル）は、シリーズ屈指の傑作であり、伏線回収の美しさは現在でも高く評価されています。
【第3期：赤と黒のクラッシュ〜キール編（第491話〜第504話）】
アニメ史上最長となる全14話構成のメガエピソード群です。CIAの潜入捜査官である水無怜奈（キール）の奪還を巡り、FBIと黒ずくめの組織が激突。赤井秀一の偽装殉職トリックという、のちの物語を十数年にわたり牽引する決定的な布石が打たれました。
【第4期：バーボン編・緋色シリーズ（第671話〜第783話）】
私立探偵・安室透の登場から、その真の顔である組織の探偵「バーボン」、さらには公安警察「降谷零」のトリプルフェイスが明かされる怒涛の展開です。第779〜783話「緋色シリーズ」では、来葉峠での赤井秀一の復活劇とともに、因縁深き2人の激突が描かれました。
【第5期：ラム編（第861話〜最新話）】
組織のNo.2でありボスの側近「RUM」を巡る調査が本格化。捜査一課管理官・黒田兵衛、副担任・若狭留美、寿司職人・脇田兼則という怪しい3人の容疑者が登場し、17年前の羽田浩司殺人事件の真相へと収斂していきます。
