智弁和歌山の進路実績を正確に把握する上で欠かせないのが、中高一貫生と高校からの編入生におけるコース別の進路動向です。
同校は中学からの内部進学生を中心としたコースと、高校から入学する編入コース（編入中谷・編入普通）で編成されています。東大や京大、国公立医学部の上位合格層の多くは6年間じっくりと鍛え上げられた中高一貫生が占める傾向にありますが、高校編入コースの進学実績も決して引けを取りません。
高校入学組に対しては、一貫生の進度に追いつくための濃密な特別補習やカリキュラムが組まれており、短期間で高い受験学力を養成します。その結果、編入コースからも国公立大学や難関私立大学（早稲田・慶應義塾・同志社など）への合格者がコンスタントに出ており、途中入学であっても高い進路目標を実現できる指導システムが機能しています。
