トラブルは課金アイテムの改変にとどまらない。記憶に新しいアバターシステムの全面リニューアルでは、キャラクターの体型や顔の造形が不自然に変更され、長年愛着を持っていたアバターの外見が損なわれたとして世界中で猛反発が起きた。App StoreやGoogle Playのレビュー欄には、グラフィックの劣化や不具合を訴える星1つの低評価が殺到する事態となった。
さらに、ポケストップのアクセス距離を巡る騒動や、相次ぐイベント時のネットワーク障害、捕獲画面でのバグなど、新機能が追加されるたびに新たな不具合が噴出するサイクルが常態化している。テストプレイが十分に行われていないのではないかという疑念が、iOSおよびAndroidユーザー双方の間で拭いきれない不信感へと変わっていった。
