日光二荒山神社の御朱印巡りを楽しむうえで、まず押さえておきたいのが神域の広大さと授与所ごとの特徴です。日光二荒山神社の境内は日光連山を中心とする約3,400ヘクタールにも及び、主に「本社」「中宮祠」「奥宮」の3箇所でそれぞれ特色ある御朱印が授与されています。
日光山内に位置する本社では、堂々とした筆致の「日光二荒山神社」の通常御朱印をはじめ、境内の大国殿に祀られる大国天の御朱印や、別宮である滝尾神社・本宮神社の御朱印を拝受できます。本社の授与所は拝殿横の社務所に設けられており、参拝後に立ち寄りやすい動線となっています。また、日光の玄関口に架かる重要文化財「神橋」の窓口でも、神橋専用の御朱印が授与されています。
中禅寺湖の北岸に位置する中宮祠では、「日光二荒山神社 中宮祠」の御朱印や、七福神巡りにまつわる御朱印など、湖畔の霊場ならではの授与品が揃います。授与所は中宮祠拝殿右手の社務所窓口です。そして男体山山頂（標高2,486m）に位置する奥宮では、過酷な登山を経て辿り着いた参拝者のみが拝受できる「奥宮御朱印」が用意されています。
