本作の魅力は、原点回帰と革新が融合した「二大モード」にあります。1つ目は完全新作となるストーリーモード、そして2つ目はシリーズの全歴史を追体験できる「クロニクルモード」です。
ストーリーモードの主人公である笹波雲明（さざなみ うんめい）は、「サッカーが好きでありながら、とあるトラウマ・身体的理由からサッカーがプレイできない」という、シリーズ史上初の異色な設定を持っています。彼が舞台となる九州・長崎の南雲原中学校で、個性豊かな仲間たちをスカウトし、データ分析や戦術指揮を駆使する「軍師」として頂点を目指すドラマは、熱血一辺倒だった過去作とは一線を画す奥深いカタルシスを生み出しています。
一方のクロニクルモードは、初代『イナズマイレブン』から『脅威の侵略者』『世界への挑戦!!』『イナズマイレブンGO』『アレスの天秤』『オリオンの刻印』に至る全シリーズのチームと対戦可能な夢のモードです。過去作の名シーンを再現した演出とともに、倒したチームの選手を「キズナスター」などの新システムで仲間に引き入れることができ、プレイヤー独自のオールスターチームを結成してオンライン対戦へ挑むことができます。
