長崎駅からのアクセスは非常に良好で、複数の交通手段から選べます。
- 路面電車（長崎電気軌道）：長崎駅前電停から「崇福寺行き（1号系統）」に乗車し、「出島」電停で下車（乗車時間約5分）。電停から西へ徒歩約3分で到着します。
- 徒歩：長崎駅西口・東口から港方面へ平坦な道を歩いて約15分〜18分。長崎港の風情を感じながらの散策ルートとしても適しています。
- 車・レンタカー：長崎IC（ながさき出島道路）出口から約5分。
車で訪れる際に気になる長崎出島ワーフの駐車場ですが、専用の大型無料駐車場はありません。隣接する「長崎市営出島駐車場」や「県営常盤駐車場」、水辺の森公園周辺のコインパーキングを利用する形となります。休日の昼時は近隣駐車場が混雑しやすいため、公共交通機関の利用または早めの入庫が推奨されます。
